
부담금은 공익사업에 필요한 사업비를 안정적으로 확보하는 등의 장점이 있는 반면, 준조세 성격으로 국민과 기업에 불편 을 초래하거나 투자의욕을 저하시킬 우려도 제기된다. 부담금·징수·환급 등에 대한 점검을 통해 행정의 투명성을 제고하고 불합리한 제도를 정비하고자 기획재정부 등 5개 중앙행정기관의 서울특별시 등 10개 시·도 등을 대상으로, 지방자치 단체에서 부과·징수하는 부담금 중 국민부담이 큰 10개 부담금에 대해 감사원이 감사를 실시했다.
지자체에서 개발사업 승인 등 부담금 부과요건이 발생 했는데도 업무처리 소홀 등으로 3040억여원을 미부과하거나 상위법에 부과대상이 아닌데도 조례를 제정하여 부담금을 부과하고 감면·환급 규정 등을 잘못 적용하여 24억여원을 부당하게 부과 또는 152억여원을 부당 감면·환급하는 등 부담금 업무를 소홀히 했다.
이에 감사원은 지방자치단체 등에 3216억여원을 부과 또는 환급하도록 시정요구하고, 관련 부처에 제도개선 방안을 마련하도록 통보하는 등 총 109건의 감사결과를 시행했다.
농지보전부담금 감면비율 적용 불합리

「농지법 시행령」 제52조에 따르면 농촌에 설치하는 시설로서 「유아교육법」에 따른 ‘유치원’은 농지보전부담 금을 100% 감면하는 반면, 「영유아보육법」에 따른 ‘민 간 어린이집’은 50%만 감면하도록 규정하고 있다.
그런데 어린이집과 유치원은 연령에 따른 영유아 구분이 중첩되고, 점차 어린이집 보육과 유치원 유아교육을 일원화하려는 추세에 있으며, 감면목적 또한 농촌지역 발전에 기여하고자 하는 데 있으므로 감면 비율을 각각 달리 적용하는 것은 불합리하다.
따라서 농촌지역에 설치하 는 어린이집과 유치원에 대해 감면취지와 감면대상 간의 관계 등을 종합적으로 검토하여 감면비율을 정할 필요가 있다.
더욱이 2002년까지는 감면 비율이 50%로 동일하였으나, 2003년 1월부터 사립학교에 포함된 유치원부터 100% 감면하기 시작했다. 그 결과 어린이집과 유치원은 모두 영유아에 대한 교육을 제공하는 시설로서 감면목적에 차이가 없는데도 감면 비율을 달리하여 적용했다.
감사원은 농림축산식품부장관에게 농촌지역에 설치하는 영유아시설에 대한 보육정책의 변화, 설치목적 등을 감안해 형평성 있게 감면비율을 적용할 수 있도록 농지보전부담금 감면규정을 합리적으로 개정하는 법안을 마련하도록 통보했다.

법률규정과 달리 교통유발부담금 부과(부과 대상이 아닌데도 부담금 부과)
경기도 이천시에서 2005년 6월 「이천시 교통유발부담 금 경감 등에 관한 조례」를 제정하여 같은 해 9월부터 매년 부담금 부과대상 시설물(연면적 1천㎡ 이상)의 소유자에게 교통유발부담금을 부과·징수했다. 구 「도시 교통정비 촉진법」 제3조 등에 따르면 부담금의 부과대상 지역은 도시교통정비지역 중 상주인구가 10만명 이상인 도시로 하되 도·농복합 형태의 시에 있어서는 읍·면 지역을 제외한 지역의 인구가 10만명 이상인 도시로 규정한다. 이천시는 장천동 등 4개 동과 장호원읍 등 10개 읍· 면으로 이뤄진 도·농복합 형태의 시로서, 최근 10년 간 읍·면을 제외한 지역의 인구가 10만명 이상에 이른 적이 없다.
그런데도 도시교통정비지역으로 지정된 도시의 경우 무조건 부담금의 부과·징수가 가능한 것으로 잘못 판 단하고 2005년 6월 이천시가 「도시교통정비 촉진법」 상 교통유발부담금 부과대상 지역이 아니어서 위 부담금과 관련된 조례가 불필요한데도 조례를 제정한 후 매년 부과대상 시설물의 소유자들에게 부담금을 부과·징수했다. 그 결과 2005년부터 2013년까지 2323 명에게 약 10억여원의 교통유발부담금을 부과했다.
감사원은 이천시장에게 교통유발부담금 부과대상이 아닌데도 불필요하게 제정·운영하고 있는 「이천시 교통유발부담금 경감 등에 관한 조례」를 폐지하고, 부당하게 징수한 교통유발부담금을 「도시교통정비 촉진법」 제40조 등의 규정에 따라 환급하는 방안을 마련하도록 통보했다.
농지보전부담금 미부과(업무처리 소홀 등으 로 부담금 미부과)
농림축산식품부 등 13개 기관에서 「농지법」 제34조 등의 규정에 따라 농지를 전용하려는 자에게 농지보전부담금을 부과·징수했다. 부과권자는 같은 법 시행령 제46조 등의 규정에 따라 관계 행정기관으로부터 사업인가 등을 통보받은 경우 사업인가일(부과기준일) 등을 기준으로 부담금을 부과해야 하고 누락 여부를 확인해야 한다.
한편 다른 부담금과 달리 농지보전부담금은 부과기한이 설정되어 있지 않아 장기간 미부과 사례가 만연 하고 그로 인해 소멸시효 경과에 따른 부담금 일실 가능성도 상존한다.
이에 따라 부담금 부과실태를 확인한 결과 농림축산식 품부에서 2011년 6월 경기도로부터 ‘ㄷ물류단지 개발 사업’에 대한 승인사실을 통보받고도 2년 9개월이 지난 2014년 3월 현재까지 부담금 73억여원을 부과하지 않고 있는 등 13개 기관에 서 2009년 5월부터 2013년 12월까지 사업승인된 23개 사업에 대해 사업승인일로부터 짧게는 3개월에서 길게는 4년 10개월이 지나도록 부담금 계 2251억여원을 미부과했다.
감사원은 농림축산식품부장관 및 서울특별시장 등 12개 지방자치단체장에게 1)농지보전부담금 부과기한을 설정하는 등의 방안을 마련하도록 통보하고 「농지법」 제38조의 규정에 따라 ‘ㄷ물류단지 개발사업’ 등 23건의 사업에 대해 농지보전부담금 계 2251억여원을 부과결정 하도록 시정요구하고 있다.
대체산림자원조성비 부당환급(감면규정을 잘못 적용해 부당환급 및 감면)

「산지관리법」 제19조의 2 등에 따르면 주택 등의 부지 조성을 위한 산지전용을 허가한 후 허가가 취소 또는 실효되는 경우 미리 납부했던 대체산림자원조성비(이하 조성비)를 환급하도록 규정한다.
그러나 산지전용 허가 후 목적사업 시행에 필요한 행정처분(건축허가 등)이 취소됨으로써 산지전용 허가가 취소되거나, 목적사업을 완료하지 못한 상태에서 산지전용 기간이 만료되는 경우에는 조성비의 전부 또는 일부를 환급하되, 형질이 변경된 면적의 비율에 따라 위 조성비를 차감하여 환급한다.
그런데도 청원군에서는 2010년 4월부터 2013년 10월 사이에 주택, 창고, 공장 등의 부지를 조성하기 위해 산지전용 협의 후 산지전용 허가가 취소된 총 21건의 경우 허가면적 모두 산지의 형질이 변경되어 환급대상 조성비가 없는데도 조성비 계 1.2억여원 전액을 부당하게 환급했다. 또한 포천시에서는 2009년 1월부터 2010년 7월까지 공장설립 등으로 인한 산지전용을 허가한 뒤 산림의 형질이 변경된 상태에서 허가가 취소 된 9건에 대해 조성비 계 2.6억여원 전액을 부당하게 환급했다.
감사원은 청원군수 등 2개 지방자치단체장에게 「산지 관리법」 제19조 및 같은 법 시행령 제24조의 규정에 따라 A 등 29명으로부터 대체산림자원조성비 계 3.8 억여원을 부과·징수하고 관련자 12명에게는 주의를 촉구하도록 시정요구했다.
개발제한구역보전부담금 과소 및 미부과 (규정을 잘못 적용해 부담금 미부과)
군포시 등 5개 기관에서 「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」 제21조 등의 규정에 따라
개발제한구역 내 개발행위허가를 받은 자 등에 대해 ‘개발제한구역보전부담금’을 부과·징수했다. 위 법에 따르면 부담금 산정 시 적용하는 ‘면적’은 개발 제한구역 내 토지형질 변경면적과 건축물 바닥면적의 2배의 면적을 기준으로 하도록 규정했다. 또한 개발행위허가를 받은 자에 대해 지체없이 부담금을 부과하고, 부과한 날로부터 1개월 이내에 부담금을 납부하도록 규정했다.

1. 개발제한구역보전부담금 과소부과
그런데 군포시에서 2009년 11월 개발제한구역 내의 ‘ㄱ터미널 확장민간투자사업’에 대한 부담금을 부과하면서 건축물 바닥면적에 대한 부담금 부과를 이중부과로 해석했다. 부과대상인 건축물 바닥면적 (17만 7525㎡)을 제외한 채 토지면적만을 기준으로 부과해 건축물 바닥면적의 2배에 해당하는 면적을 포함한 부담금 960억여원보다 336억여원 적게 부과·징수했다.
2. 개발제한구역보전부담금 미부과
부산광역시 금정구에서 2012 년 5월 부산광역시가 시행하는 ‘ㄴ공영차고지 조성사업’에 대한 개발행위를 허가하고도 같은 해 8월 부산광역시에서 부담금 납부유예 요청이 있다는 사유로 2014년 2월까지 144억여원을 미부과, 6.8억 여원의 이자부담을 경감했다.
감사원은 군포시장 등 5개 지방자치단체장에게 관련 법령에 따라 ○○등에게 부담금 계 491억여원을 부 과·징수하고 관련자 15명에게는 주의를 촉구하는 등 시정요구를 했다.