양대 공무원노조인 전공노(전국공무원노동조합)와 공노총(대한민국공무원노동조합총연맹)은 노선에 차이가 존재하나 사안별로 연대와 협력을 강화하고 있다.

공노총은 2002년 3월16일, 전공노는 2002년 3월 23일 각기 창립됐다.
전공노와 공노총은 2000년 2월19일 전국공무원직장협의회 발전연구회(전공연)로 발족하면서 같은 뿌리로 시작했으나 2001년 2월3일 분열됐다.

공노총은 5개 연맹 117개 노조로 구성되며 조합원은 대외적으로 17만 명이라고 주장한다. 조합원 수가 10만이라는 전공노를 능가하지만 온건 실리적 노선을 추구한다.
 
법외노조였던 전공노는 총파업도 불사한 강성 노조로 줄기차게 해직공무원 복직을 요구하고 공무원해직자원직복직특별법 제정을 촉구하고 있다.
전공노는 파업권도 원칙적으로 허용하되 예외적으로 제한해야 한다는 입장이다. 전공노는 2004년 파업 때 해직된 공무원 136명에 대해 해직 기간 15년을 모두 경력으로 인정하고 승진·공무원연금 등을 소급적용해 달라고 주장해왔다.

전공노는 민노총(전국민주노동조합총연맹)에 가입한 단체로서 전국의 산별노조를 총망라한 거대 조직의 막강한 영향력을 배경으로 하지만 활동은 독자적으로 한다. 공노총은 민주노총도 한국노총(한국노동조합총연맹)도 소속되지 않은 독자적인 공무원 조직체이다.

전국공무원노동조합(전공노)과 대한민국공무원노동조합총연맹(공노총)은 지난해 8월 정책연대 협약을 체결했다. 이 협약으로 양대 공무원노조는공무원의 정치기본권 및 노동3권 쟁취를 위한 투쟁에 공동으로 나서고, 향후 진행되는 대정부교섭에 공동 대응하며, 공무원 보수위원회·노정 정책협의체 등 공무원 노동자 처우개선을 위한 대정부 활동에도 함께 대응하기로 했다.

양측은 “공무원 노동자의 기본권 쟁취 투쟁과 대정부교섭·보수위원회·정책협의체 등 대정부 교섭 투쟁을 위해 공무원 단체 간 연대가 절실히 필요하다는 판단에 따라 정책협약을 맺게 됐다”고 설명했다.
전공노와 공노총 간에는 이념적 차이가 존재하며 그 차이는 두 단체의 활동에서 드러난다.
전공노는 과거 국가보안법폐지국민연대, 광우병국민대책회의, 한미FTA저지범국민운동본부 등에 참여했었다. 전공노는 민주노총과의 연대를 추구하는 반면 공노총은 공무원만의 자주독자노선을 추구하며, 정치적 중립을 지향한다. 전공노가 노동운동을 통한 사회개혁을 지향한다면 공노총은 경제적 실리주의를 추구한다.

두 단체의 노선 차이는 지난해 9월 서울시 공무직 조례 제정 과정에서 일부 엿볼 수 있다.

공노총 소속 서울시공무원노조(이하 서공노)는 일반 공무원과 같은 정규직 대우를 요구하는 공무직
조례안은 ‘특혜’라며 반대했다. 반면 전공노 서울 본부와 전공노 소속 노동자연대 회원들은 공무직 노동자들의 요구를 처음부터 지지했다.

공무직 조례안에는 공무직 정원, 채용, 전보, 고충처리 등을 심의하는 공무직 인사관리위원회 설치, 인사관리위원회에 노조 추천 1인 포함, 결원 발생 시 공무직 우선 채용, 20년 이상 근속자 퇴직 시 명예퇴직수당 지급, 동종 또는 유사 업무 공무원과 비교해 불합리한 처우 금지 등 공무직의 법적 지위와 노동 조건에 대한 규정이 담겨 있다.

전국통합공무원노조(약칭 통합노조)라 불리는 제3의 노조가 있는데, 2015년 전공노에서 떨어져 나와 창립됐으며 조합원 수는 약 2만 명이다. 전국통합공무원노동조합(통합노조, 위원장 이충재)은 공공서비스노동조합총연맹에 소속돼 있다.

양대 공무원노조단체인 대한민국공무원노동조합총연맹(위원장 이연월, 이하 공노총)과 전국공무원노동조합(위원장 김주업, 이하 전공노)이 2020년 새해를 맞아 새 지도부를 구성했다.
전공노 새 지도부는 1월8일과 9일 양일간에 걸쳐 진행되는 조합원의 직접 투표로 결정된다. 과반수득표자가 없을 경우 1월20일부터 21일까지 최다득표자에 대한 찬반 투표를 실시한다.

전공노 10기 임원 선거에는 기호 1번 전호일(법원본부 교육선전국장)·김태성(부산본부 수석부본부장) 후보조, 기호 2번 김경용(서울본부 서울시청지부장)·서정숙(공무원노조 부위원장) 후보조가 위원장 사무처장 후보로 각각 등록했다.

전호일·김태성 후보는 “젊고 강한 노조! 이기자 연금전쟁!”을 선거구호로 내걸고 2015년 위원장의 직권조인으로 국민연금보다 낮은 수익비로 전락한 공무원연금 개악의 아픔을 반복하지 않고 공무원연금을 손보겠다는 정부에 맞서 2020년 연금전쟁을 승리로 이끌겠다고 공약했다.

김경용·서정숙 후보는 “선수 교체! 행정안전부 폐지!”를 구호로 연금임금 수당 현실화 및 갑질 정책해체를 위해 ‘행정안전부 폐지’를 공약으로 내걸었다.
 
공노총 산하 시군구연맹 위원장을 맡았던 석현정 위원장과 고영관 서울교육노조 동작관악지부장이 5대 임원 선거에서 공노총 위원장과 사무총장으로 선출돼 부위원장(수석 1인) 6명과 함께 새 집행부를 구성, 1월1일부터 3년 동안 공노총을 이끌게 되었다.

석현정 위원장은 공무원노조법 폐지와 공무원의 노동3권 및 정치적 권리 보장, 공무원연금 개악 저지 등을 공약으로 내걸었다.